Systems Manager で Windows EC2インスタンスに対してパッチを適用することが可能です。
Systems Manager のメンテナンスウィンドウで設定します。
AWS Systems Manager - メンテナンスウィンドウ - ウィンドウ ID: mw-**************** - タスク
タスクとして、run command で AWS-RunPatchBaseline を指定することによりパッチの適用が可能となります。
参考:
マネージドノードへのパッチ適用のための SSM ドキュメントについて
https://docs.aws.amazon.com/ja_jp/systems-manager/latest/userguide/patch-manager-ssm-documents.html
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